時は２０ＸＸ年、平穏を取り戻したかと思われた咲鐘湖（さかねこ）学園に新たな災難が降りかかろうとしていた。いつも通りの日常を望むみのあであったが、アニメ世界が現実を飲み込もうと学園全体に侵食し、この世の理を大きく変えてしまっていた。現実のアニメ化を受け入れられないみのあを否定する仲間たち、ついに決別を強いられたみのあの運命は。そして、現実世界を崩壊に導いていたのはまさかの―。